常用文献管理软件简单比较
http://www.endnote.com
最新版本: EndNote X
毫无疑问，EndNote是文献管理软件中的老大，大名鼎鼎的ISI出品。界面简单，搜索查询方便，与Word无缝链接，支持Z39.50标准，可以检索所有支持此标准的数据库，支持gb2312和utf-8编码，中文支持良好。缺点是不能建立子目录，无法分类。
【更新.2006.10.25】我发现，很难说不分类就是缺点。有强大的搜索功能，很多时候并不需要分类。
ReferenceManager
http://www.referencemanager.com
最新版本: ReferenceManager 11.0.1
ReferenceManager也很不错，不过看起来和EndNote功能差不多，被ISI公司收购后，更新并不积极。不支持中文，所以用的也不多。
Biblioscape
http://www.biblioscape.com
最新版本: Biblioscape 6.6
Biblioscape并不能简单地归入到文献管理软件中来，因为它的功能实在太强大了，它不仅是文献管理工具，还包括文献分析工具；另外Biblioscape版本众多，适合不同研究者需要。Biblioscape对中文支持的比较早，不过到现在仅支持gb2312编码，不支持utf-8。另一个较严重的缺点是对Word的支持不如前两者好。7.0 beta将在秋季推出，不知道新版本对将有多少改进。
NoteExpress
http://www.scinote.com
最新版本: NoteExpress 1.7.2.150
NoteExpress是国内开发的较为优秀的一款文献管理软件。功能较EndNote丰富，且符合中国人使用习惯，中文支持良好，并且与Word支持的比较好。软件历史较短，细节之处不太完美，稳定性有待进一步确认。新版本2.0最近将发布。
其他国内常用的文献管理软件还有一些。比如在医学杂志领域表现不俗的医学文献王；国外一些软件如ProCite因中文支持不好，国内鲜有使用。另外开源社区也有许多优秀的文献管理软件，有兴趣者可以登录http://sf.net查询。
Francesco Dell’Orso热中于对不同的文献管理工具软件的优劣进行比较，2006年7月他发布的第13版比较结果，被列入评比范围的软件包括: Biblioscape, Bookends, Library Master, ProCite, EndNote, Reference Manager, Papyrus等。有兴趣的话可以点击链接查看评比结果: http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/text/index.html
【更新.2006.10.25】
除了NoteExpress和医学文献王，今天在网上又发现一款国产商业文献管理软件，PowerRef。免费版本可以输出30条文献记录(10条参考文献列表索引，10条脚注，10条尾注)，有兴趣可以试一下。
此外，我这里还介绍了两款开源的文献管理软件，有兴趣的可以看看：
两款开源的文献管理软件
[...] 上次简单比较常用文献管理软件后，朋友告诉我还有两款开源的文献管理软件，使用者比较多。特地补充如下： [...]
[...] 文献管理工具有很多啦，Windows下有著名的EndNote, Biblioscape, NoteExpress，Reference Manager，ProCite，具体比较搜索一下可以找到N多，比如这个（中文）和这个（英文）。 [...]
用过一个国产的在线文献管理网站，也挺不错的，有趣的地方在于可以找到和自己在读一样文献的人，网站好像叫做新科学，地址大概是www.xinkexue.com
我最近也用新科学，还行，至少走到哪里，只要能上网，就能拿到自己的文献。
目前看endnote仍然是首先，谢谢分享。
新科学”是一个非常好的在线文献系统，很多地方在仿造国外功能最强大的文献管理系统mendeley，新科学除了还没有提供单机版之外，其它方面基本都可以实现了。
新科学已经在功能上超越了citeulike和connotea
这些在线文献系统比endnote要方便（endweb做的并不成功），有以下几点：
1.多种方式导入文献记录
可以通过：论文网址、论文的记录号（DOI）、论文的全文等方式生成文献记录
2.文献的在线存储和分享
3.在线文献评论，小组讨论
4.可以作为在线交友网站，可以在线听音乐、读书、玩游戏等
由于教育网的限制，访问国外的网站比较慢，所以很多人在学校很难使用mendeley、citeulike、connotea
但是“新科学”则没有这个问题，速度非常快。
本文来自: 人大经济论坛 详细出处参考：http://www.pinggu.org/bbs/viewthread.php?tid=655130&page=1
新科学试用了一段时间，网站没什么人气，交些同学科的朋友还行，但真要说到文献管理和应用方面的功能还是太嫩了，不如单机版的软件使用方便。一直使用医学文献王，刚升级到V3，功能更强大了，感觉比NoteExpress在功能设计方面更人性化，设计也漂亮点。不过，如果能像EndNote一样提供网络版的就更好了，希望它们能够不断进步吧。
中国的网络环境还不是能令人满意，所以单机版的文献管理软件目前还是必不可少的，但是网络版也是大势所趋。 我现在在用朋友推荐的一款国产网络版的参考文献管理软件NoteFirst， 功能上和其他的主流软件大同小异，但是它融合了网络版和单机版的设计，非常实用， 最主要的是它的普及版是免费的，很适合中文科技期刊的作者实用。
我用过几款软件，Endnote， Mendeley， Zotero，NE 和 NoteFirst，这些文献管理软件从功能上各有特色，网上的评论文章也不少，我自己的的使用体验如下：
A. 功能上： 在导入中文文献数据的准确性上， Endnote和Mendeley都出现不同程度的问题，对中文期刊参考文献格式不能很好的支持并且对国标也不能正确理解。这两款是国外软件，主要针对英文作者，没有重点解决中文期刊作者的问题也是可以理解的。值得一提的是Mendeley内置的PDF浏览器，可以直接收录英文的PDF文件，这一个功能很强大。 国内的软件NE可以很好的支持中文文献，但在对国标的细节处理上依旧存在问题， 比如无法自动区别英文文献中的作者是中文作者的汉语拼音， 也不支持中英文双语的参考文献自动形成。 相对来说NoteFirst比较适用于中文科技期刊的作者，全面支持国标并且支持双语参考文献自动形成，这对我这个经常需要投被EI收录期刊的作者来说是非常实用的。
B. 价格上：Endnote和Noteexpress均是收费的软件， Endnote还价格不菲， 只有机构用户才会使用。而Mendeley和NoteFirst都提供免费版本。 功能上对于我这样的科技期刊作者来说已经足够用了。 当然，要写大论文的博士生们，还是用掏点钱使用软件的高级功能吧。
基于以上原因， 我最终选择了Notefirst和Mendeley共同使用， NoteFirst进行文献管理和论文写作， Mendeley进行PDF文件的管理。这是我的经验之谈，谨供你参考。
谢谢分享。网络版是大势所趋，要不然Endnote这样老牌的软件也要开发Web版本。 不过它只是intranet, 而不是internet。 Refwork，Mendeley和Notefirst都是我的选择，各有特点。中英文搭配使用吧。
支持网络版的产品。主流的软件都用过了，美国人开发的EndnoteWeb不错, 但是太贵， 除非有机构版的。 而英国人开发的Mendeley和中国人开发的NoteFirst都是新一代网络版的软件，而且大部分功能都免费，现在我根据不同的情况都用着。