常用文献管理软件简单比较
http://www.endnote.com
最新版本: EndNote X
毫无疑问，EndNote是文献管理软件中的老大，大名鼎鼎的ISI出品。界面简单，搜索查询方便，与Word无缝链接，支持Z39.50标准，可以检索所有支持此标准的数据库，支持gb2312和utf-8编码，中文支持良好。缺点是不能建立子目录，无法分类。
【更新.2006.10.25】我发现，很难说不分类就是缺点。有强大的搜索功能，很多时候并不需要分类。
ReferenceManager
http://www.referencemanager.com
最新版本: ReferenceManager 11.0.1
ReferenceManager也很不错，不过看起来和EndNote功能差不多，被ISI公司收购后，更新并不积极。不支持中文，所以用的也不多。
Biblioscape
http://www.biblioscape.com
最新版本: Biblioscape 6.6
Biblioscape并不能简单地归入到文献管理软件中来，因为它的功能实在太强大了，它不仅是文献管理工具，还包括文献分析工具；另外Biblioscape版本众多，适合不同研究者需要。Biblioscape对中文支持的比较早，不过到现在仅支持gb2312编码，不支持utf-8。另一个较严重的缺点是对Word的支持不如前两者好。7.0 beta将在秋季推出，不知道新版本对将有多少改进。
NoteExpress
http://www.scinote.com
最新版本: NoteExpress 1.7.2.150
NoteExpress是国内开发的较为优秀的一款文献管理软件。功能较EndNote丰富，且符合中国人使用习惯，中文支持良好，并且与Word支持的比较好。软件历史较短，细节之处不太完美，稳定性有待进一步确认。新版本2.0最近将发布。
其他国内常用的文献管理软件还有一些。比如在医学杂志领域表现不俗的医学文献王；国外一些软件如ProCite因中文支持不好，国内鲜有使用。另外开源社区也有许多优秀的文献管理软件，有兴趣者可以登录http://sf.net查询。
Francesco Dell’Orso热中于对不同的文献管理工具软件的优劣进行比较，2006年7月他发布的第13版比较结果，被列入评比范围的软件包括: Biblioscape, Bookends, Library Master, ProCite, EndNote, Reference Manager, Papyrus等。有兴趣的话可以点击链接查看评比结果: http://www.burioni.it/forum/ors-bfs/text/index.html
【更新.2006.10.25】
除了NoteExpress和医学文献王，今天在网上又发现一款国产商业文献管理软件，PowerRef。免费版本可以输出30条文献记录(10条参考文献列表索引，10条脚注，10条尾注)，有兴趣可以试一下。
此外，我这里还介绍了两款开源的文献管理软件，有兴趣的可以看看：
两款开源的文献管理软件
[...] 上次简单比较常用文献管理软件后，朋友告诉我还有两款开源的文献管理软件，使用者比较多。特地补充如下： [...]
[...] 文献管理工具有很多啦，Windows下有著名的EndNote, Biblioscape, NoteExpress，Reference Manager，ProCite，具体比较搜索一下可以找到N多，比如这个（中文）和这个（英文）。 [...]
用过一个国产的在线文献管理网站，也挺不错的，有趣的地方在于可以找到和自己在读一样文献的人，网站好像叫做新科学，地址大概是www.xinkexue.com
我最近也用新科学，还行，至少走到哪里，只要能上网，就能拿到自己的文献。
目前看endnote仍然是首先，谢谢分享。
新科学”是一个非常好的在线文献系统，很多地方在仿造国外功能最强大的文献管理系统mendeley，新科学除了还没有提供单机版之外，其它方面基本都可以实现了。
新科学已经在功能上超越了citeulike和connotea
这些在线文献系统比endnote要方便（endweb做的并不成功），有以下几点：
1.多种方式导入文献记录
可以通过：论文网址、论文的记录号（DOI）、论文的全文等方式生成文献记录
2.文献的在线存储和分享
3.在线文献评论，小组讨论
4.可以作为在线交友网站，可以在线听音乐、读书、玩游戏等
由于教育网的限制，访问国外的网站比较慢，所以很多人在学校很难使用mendeley、citeulike、connotea
但是“新科学”则没有这个问题，速度非常快。
本文来自: 人大经济论坛 详细出处参考：http://www.pinggu.org/bbs/viewthread.php?tid=655130&page=1
新科学试用了一段时间，网站没什么人气，交些同学科的朋友还行，但真要说到文献管理和应用方面的功能还是太嫩了，不如单机版的软件使用方便。一直使用医学文献王，刚升级到V3，功能更强大了，感觉比NoteExpress在功能设计方面更人性化，设计也漂亮点。不过，如果能像EndNote一样提供网络版的就更好了，希望它们能够不断进步吧。